PPMR論文ＩＩＩに関連して、もう一つ気になる最近の論文です。いくつかの標高で脊椎動物の有無の分布を見ているだけですが、同所性と相互作用に関する独立の記載データを使って無理やりに食物網構造やＰＰＭRを推定しています。体サイズをどうやって求めているかは何も説明していないのですが、おそらく記載情報の平均サイズを使っているのでしょう。相互作用を実際に見ずに食物網やＰＰＭRを調べるという典型的な手法です。昔と最近の分布を比較するだけで気候変動の影響を強引に議論しています。体サイズや相互作用は何も変化しないと仮定している点も弱いところだと思います。気候変動とサイズに関する特別号でしたので。

Lurgi et al. (2012) Climate change impacts on body size and food web structure on mountain ecosystems. Proc R Soc B 367: 3050-3057

そういうわけで、先月に投稿した原稿の査読状況を確認したら、レビューが終わって結果待ちになっていました。この状況はいつになってもドキドキします。

今日も雨で憂鬱です。

午前中はシニカの人と研究打ち合わせと昼食。午後は、雨が降りそうだったので、帰宅して論文読み。学生から、プレゼンを上達させるための情報はないかと聞かれ、英語のサイトをブラブラしたり。結局は試行錯誤だと思いますが。

胃内容論文の改訂は、学生のPCがなぜかクラッシュしたようでバックアップデータから再計算をいろいろやって時間がかかっているらしい。もう少しお待ちください。

あー雨だ。これがモンスーンらしい。長雨、憂鬱。

午前中は頭の中で発表練習して、午後はセミナー発表。ＰＰＭＲ論文Ｉ～ＩＩＩの話を予定通り３０分で終えた。質問などは教官とサイズベースの食物網をやっている学生からのみ。う～ん、分かりにくかったかなぁ。

その後、学生数人と食事に行ったら、僕の話はいつも面白いと言ってくれた。１本の論文をかく時間はどれだけとか質問も。お世辞だろうか。今回は感触がイマイチだったのだけど。とにかく、水餃が旨い。

よさげな居酒屋を見つけてしましました。ゲームセンターcxとか見て怠惰な一日を過ごしてしまった。

ジョグ７㌔

胃内容論文の改訂をしなければいけない。が、詳細を検討していて、データの扱いに誤り（論文中の内容との不一致）が発覚し、いくつかの結果を作り直さなければいけない事態に。前に某雑誌にリジェクトされて書き直しを検討していたときにも同じことがあった。やばいなー。マイナーリバイスだったのに。予想以上に時間がかかってる。

体調がしばらく悪かったので、構内の診療所へ。予約していなかったので、２時間近く待たなければいけなかった。

午後は文献読み。ＰＰＭＲ論文ＩＩＩの詳細について検討。

今日は慌ただしかった。

動物学研究所の教授に会って、CK研のラボセミナーに出て、夕方は動物学研究所を訪れて、夜は何か初めての環境セミナーというのに参加してみた。Ｚから積極的に参加の案内が来てたから。発表内容にも興味があるし、メールのccが近辺の有名な生態学者が連なっていたから。

その合間に文献を探して、ＰＰＭＲ論文ＩＩＩと同じような主旨のものを見つけてしまった。この間、出版されたばかりだ。また先を越されてしまった。でも、こちらの売りはまだある。こちらは季節変化ではなく４０年の長期変化（コンセプトは似ているけど）。あと、スケール依存性は見てないそうだし、preferred vs realized PPMRの比較をしていない。まだいけるはず。

Reum JCP, Hunsicker ME (2012) Season and prey type influence size dependency of predator−prey body mass ratios in a marine fish assemblage. MEPS 466: 167-175.

ジョグ８㌔

あ、玉山は抽選に外れたようです。学生の予想通り、教授のコネは通らなかったようです。その代わり、玉山での鳥類の調査に同行させてくれるかもしれません。その場合、彼らはキャンプサイト周辺でモニタリングして、その間に、勝手に頂上まで登ってこい、みたいな感じになるらしい。大丈夫だろうか。それと、日程は１１月上旬なので、トレーニング期間が足りないなぁ。

午前中はシーケンスデータの予備解析の相談。午後は学生の論文の手直しと、胃内容論文の改訂と、来週のセミナーの準備。

自分が書いた論文を誰かに見てもらうとき、相手が全身全霊魂をを込めて自分の原稿を見てくれるとは限りません。

１．他人の原稿を批判するのを躊躇しているかもしれません。教授の書いた文章に「意味不明」、「面白くない」なんて言いにくい。また、分野が違うせいで理解できない内容でも、「専門家には通じるんだろう」と考えてしまうかもしれません。

２．非ネイティブの人の英語に非ネイティブの人が満足することはそう多くありません。「まぁ意味は通じるかな」、「良い表現がすぐには思いつかない」、「英文校閲で何とかなる」。そんな感じで、悪い文章と感じても放置されるかもしれません。

３．内容についてであれ、英語についてであれ、著者に任せると考えるかもしれません。コメンテーターの役を果たしていないのかもしれませが、深刻な問題がなければそのまま投稿させて、レフリーにズタボロにさせて、学習の機会を与えたいという教育方針かもしれません。私の恩師はたぶんこのパタン（そう信じたい）。

４．忙しくて読んでる暇がない、待たせるのも悪いから、ざっとメインの結論だけ見て返す。詳細については他のコメンテーターや著者が良い意見をくれるでしょう。

色んな理由があるでしょうが、原稿を見てもらったとして、その結果の解釈には注意が必要です。ノーコメントは「問題なし」という意味ではありません。また、複数の人に原稿を見てもらって、ある人がコメントをして、別の人がノーコメントだったら、それは意見の衝突ではなく、多くの場合、要修正です。そして、必ずしも言われた通りに修正する必要もありません。なぜなら、コメンテーターは全身全霊で手直しをしているわけではないから。ただ、何らかの対処をしないといけないことは認識する必要があります。最終的には自身の判断です。

もっと厳しめにコメントしてほしいと思う時があります。でも、コメントをするというのは非常に労力のかかる作業です。共著者であっても、なかなか本気でやってくれる人は少ないのではないでしょうか。本気でやるとしたら、改善方法を示す必要がありますので、問題点を指摘するだけの査読作業よりも大変です。

コメントを引き受けてくれる人には感謝をします。一方で、どうやって負担を減らして、実りあるコメントをもらおうかと考えると、センターのある教官の言葉を思い出しました。「読んでつまづいたところにチェックを入れるだけでいい」。対処方法は著者が考えるというやり方。良い方法かもしれない。

ジョグ８㌔

そろそろ生態学会の締め切りですね。本業のネタがまとまらないので、植物の病気の話をすることにします。共著者の方に連絡。

今回の場所は静岡です。温泉と海の幸。どうやって行こう計画を立てます。こないだ遠洋水産から来た人が、静岡－台北の直行便の予約が取れなかったと言っていたので、早めに予約をする必要があるからです。それと、LCCも考える。最近はピーチという日本の会社が参入してきたので、要チェック。というわけで、旅費の計算をしてみました。

学会期間は３月５日（火）～３月９日（土）

選択肢１．台北－静岡直行便（チャイナエアライン）
ただし、火木日に１日１便のみ。台北発は15:20、静岡発20:00。
したがって、５日（火）－１０日（日）のスケジュール
航空運賃：11260NTD（早割）
６泊滞在。
陸路移動は２０００円くらい

選択肢２．ＬＣＣ（台北－大阪）
こちらは毎日飛んでるけど、関空まで。
関空－静岡の移動を考えると、４日（月）－１０日（日）のスケジュール
航空運賃：9360NTD（ジェットスター）、8350NTD（ピーチ）
７泊滞在
陸路往復：約8500NTD（はるか＋新幹線）

あー、これはもう直行便の一択ですね。初日夜の集会に参加できないのが残念ですが。それにしても、関西行きはますます安くなりましたね。他の場所にも飛んで欲しい。

学生の打ち合わせのはずが、24時間寝てないと言って頭働かず。何も議論できない。また持ち越し。どういうこと？

定例のラボー。発表がキャンセルになったときに連絡は無いんですかねー。サイズの話をしている人が多いので、来週は自分の番はＰＰＭＲの話をすることにしよう。

胃内容論文が終わったらＰＰＭＲ論文ＩＩＩを考えないといけない。

雲一つない晴天、をそのまま現実にしたような良い天気。洗濯、掃除をして、午後は研究室へ。学生と打ち合わせです。本当は朝からやりたかったけど、どうしても午後が良いというので。でも、本人１７時には用事があると言うので、ほとんど議論できず。週明けに持ち越し。予想以上に投稿までに時間がかかっている。

ジョグ５㌔

学生との打ち合わせのはずがすっぽかされた。朝のはずなのに午後に現れた。参った。


その間は、胃内容論文の仕上げ。レフリーの言う通り、追加解析をすることにしました。でも、解析にはいろいろと問題点があるので、簡単な予備解析の結果をアペンディクスに載せるだけにすることにする。こうすれば、レフリーの要求にも応えられますし、将来のちゃんとした解析をする余地も残せるでしょう。あとは、解析に必要なデータをＳＫＩくんが探してくれるのを待つのみ。そういえば、Ｄ論は書けたのだろうか。原稿の修正などあれば手伝いますよ。

今ごろ、個体群生態学会でしょうか。いいなー。たのしそうだなー。

シークエンスデータの予備解析をしてみました。各サンプリング場所ごとに見てみると、予想以上に変異が少ない。ちゃんとした解析をしたら、もっと少なくなるっぽい。場所ごとの差もあまり無いかも。まぁ、それも結果なのですが。マイクロサテライトデータに期待しましょう。

ジョグ７㌔

先週から風邪をひいたようで、体調がまだ良くない。昨日走ったからだろうか。予想以上に体力の衰えが早いかも。

本日はＣＫ研のラボセミナーを欠席して、家でおとなしく、共著原稿の手直し。

胃内容論文がマイナーリバイスで返ってきました。老舗のオープンジャーナルですが。とりあえず直せるところは直して、あとは追加解析の要求にどう答えようか。やるとしたらマイナーリバイスの範疇を超えているような。けっこう面倒だし、やりたくない。言い訳を書いてスルーしようか。

ジョギング開始。
とりあえず５㌔

シーケンスデータの予備解析を始めてみた。本当はノイズやエラーを綺麗にしてから解析しなければいけないのだけれど、それはやるとすごい時間がかかるらしいから、とりあえず予備解析。各遺伝子座ごとに、フォワードとリバースの配列を合わせて、一致しているサイトを見るだけ。ノイズが沢山有るかと思いきや、けっこう綺麗に読めてた。ところどころノイズがあるので、それは後でスクリーニングしないといけないし、綺麗に見えるところもそれはエラーで本当は変異があるかもしれないので、結局は全部チェックしないといけないのだろう。熟練者でも１ヶ月以上かかるらしく、素人がやると、２，３ヶ月かかるのかもしれない。今のところパタンは言われていた通り、とても保守的だでした。もう少し解析を進めてみて、その後はマイクロサテライトを考えたほうが良いのかもしれない。

夜は遠洋水産から日本人研究者の人が来て、永康街で小籠包を食べて、マンゴーカキ氷を食べて、師範夜市で大きな鶏唐食べて、帰りに西瓜ミルクを飲んで。トレーニングしないと。

玉山に引率してくれる森林学科の教授のところに言って、挨拶と軽く説明を受ける。で、実は、まだ行けるとは決まっていないらしく、行けるかどうかは抽選になるらしい。玉山国家公園は入山制限が厳しいらしく、１日数十人でシーズオフでも倍率は数倍になるらしい。外国人だともっと厳しいらしいが、今回は台湾グループで扱われるのでラッキーだ。それでも、まだいけるか分からない。教授は、玉山で研究をしているので、「まぁ何とかなる」と言っていたけれど、学生は半信半疑。以前に、大統領がコネで入山して批判されたらしいし。

月曜は毎週定例のラボセミナーです。学生の初めての食物網モデルの発表。まだやる考える余地はありますが、着眼点は面白いですね。

玉山に登る約束をしたら、なんか色んなメールが来る。まず、入山申請をしなければいけないらしく、しかも締め切り間際であわただしい。それからトレーニングや必要な道具の案内など。これは予想、以上かもしれない。夏の富士山にはジーンズにスニーカーの軽装で登ったことはあるけど、今回は秋、というか頂上付近はマイナスになっているかもしれないらしい。雪山登山？こういう機会に少しずつ野外道具を調達しています。今回はトレッキングシューズを買いましょう。寝袋は用意してくれるらしい。テントなのだろうか。山小屋なのだろうか。死ぬことはあるまい。

昨日、というか今日未明まで飲みすぎて、体調不良。最近お酒に弱くなったかも。ウィスキーのせいかな。せっかくの良い天気でしたが家でおとなしく。

昨日の続きで、学生と原稿を仕上げました。残りは任せて、英文校閲にかけて投稿できるでしょう。きっと受理されるはず。

本日は今期初のフライデーパーティー。そのせいか教授のアルハラがひどくて、食事もほとんど食べれず、ウィスキーにやられてしまいました。その後、Mさんと学生と二次会へ。

酔った勢いで来月、玉山（台湾最高峰）に登る約束をしてしまった。学生は森林学科の出身で、そこの教授が引率してくれるようです。大変そうですが、後悔はしていません。これを機にジョギングを再開させたい。

学生と一緒に最後の仕上げをします。何を言うべきか、どういう表現が良いのか、議論しながら原稿を修正していきます。今までは議論だけで、原稿を目の前にしてこういう作業をしたことがないのですが、楽しいですね。何だかんだで効率が良いような気もしますし、互いに勉強になります。それに新しいアイディアが幾つも生まれます。

また最近に見つけた記事ですが。共同研究のやり方の参考になりますでしょうか。研究者は基本的に分担でやっている人が多いいような気がします。
なぜ、チームワークは分担作業に勝るのか

シーケンスデータが扱いをちょっと学ぶ。来週、解析を見てもらう。

本日は台湾では、国慶節（建国記念日）です。休日です。街のあちこちには国旗が掲げられています。総統府では、パレードやら演説やらイベントがあるらしく、そういうわけで総統府に行って来ました。が、到着したのが遅すぎたようで、見逃してしまいしました。

学生に原稿を送って、実験データいじる。

学生と打ち合わせして、論文の手直し。

それから実験データの解析準備に取り掛かる。なかなか厳しそうだ。

なかなか難しいですなー。

本日は定例のラボセミナー。ちょっとセミナーの運営に危機感を感じております。今一度、何のためのセミナーか全員で確認したほうが良いような。

久しぶりのネガティブ期間に入ったようです。

一段落して、今日は１日現実逃避しました。

明日からまた頑張ろう。

事務仕事は大体終わりました。

いえーい

またまた事務仕事をしなければいけません。

ポスドク部屋に新しく人がやってきました。台湾人のようです。

寶藏巖國際藝術村

大学から歩いて10分くらいのところにあります。

写真楽しいかも

週末は頑張って働いたので家でゆっくり。掃除と論文読みとお笑いを少々。

午後はＣＫ研のセミナーへ。気候変動が種間相互作用を弱めて食物網を安定化させるという論文紹介だったけど、場合によっては不安定する場合もあって一概には言えないという仮説を思いついた。物事を複雑にすることばかりで、役に立つことは何も言ってなくて、そんな批判を想像して、いつもげんなりする。でも、物事を単純に結論付けて、その不確実性には目をつむるというほうが実は不誠実なんだと言いたい。一番いいのは、複雑なパタンを簡単に理解できるようになること。でも、今の自分にそんな知恵はない。そんなに単純じゃないよと反証を示すだけ。げんなりだ。

セミナーの後、こないだ買ったカメラを持って、散歩してみた。

いろいろ機能をいじってみると、写りがぜんぜん違いますね。

最近なんか頼られてる？

学生の論文の手直しを集中してやって、議論の最後まで終えました。まだ最終校正は必要ですが。しかし、その最中にも、彼の元には別の共著者からのコメントが届き、それが僕の意見と対立するので悩んでいるようです。彼は撲派なんですが。共著者の数が多くなるとこういう問題がよくありますよね。最終的には、主著者・コレスポが決定をすればよいと思います。

手直しの最中に別の学生もやって来て、プレゼンの仕方について相談を求められました。通常の学会では15分くらいの発表で、イントロは３－４分。一つのスライドには言いたいことは一つだけ。そうすると、イントロで言えることは３つぐらい。イントロで最も伝えたい３つのことは何？と聞いたら、これとこれとこれとこれと、、、４つも５つも。要約しましょう。詳細を述べるより、まずアイディアをシンプルにしましょう。方法論ではなく、生態学的意義を示しましょう。聴衆の興味と知識を考慮に入れましょう。そして、僕のコメントは盲信せずに、試行錯誤してください。演者と、その研究の性格に合ったスタイルがそれぞれあると思います。

手強い相手も落とす文章術

Yahooニュースの雑誌コラムで面白そうなシリーズがありましたので、抜粋してみました。論文を書くときに参考になりそうなアイディアが幾つかあります。実際に自分も実践していることもありました。詳細をちょっと読んだところで学び得るものはないと思いますが（実践しましょう）、自分にとっては「あー、あるある」という感じで面白かったので。

１．書き出し～具体的な相手を想定する
自分の場合、M院生が読むことを想定しています。つまり、一般的な生態学の知識があれば理解できるというレベル。モデルにしても、実験にしても。それ以上を想定して、表現（内容ではなく）が専門的になり過ぎると、分野外のレフリーに理解してもらえないリスクがあるかもしれないから。これは下の伝え方・表現方法に関連しています。

２．個性～人の文章を徹底的に真似る
これも実践しています。自分の場合、グーグルすカラーを利用しています。例えば、「栄養段階が一つ上がると窒素同位体比が３‰上昇する」と英語で書きたいとき、"nitrogen stable isotope ratio", "3 %", "trophic level"とかで検索すれば、他の人がどのように表現しているのか、英文法が正しいのかを知ることができます。前後の文脈をチェックすることは忘れずに。

３．構成～接続詞のない文章を書いてみる
自分の場合、各段落で何を言いたいのか構成を作って、各段落の内容を一文に凝縮させて、leading sentenceとして各段落の最初に置くことを基本方針としています。よく言われていることと思います。これを利用すると、最初の１、２文（＋最後のclosing sentence）を読み繋げていけば、論文が主張する論理のだいたいを理解できたりします。セミナーの論文紹介や輪読で他の人が発表する場合、前もって全文を読むのが難しい場合はこれをやります。

４．数字・図～文章による箇条書きが先と心得る
これはプレゼンを作るときに意識しています。図表ありきでスピーチの内容を考えるのではなく、スピーチの内容を考えてから図を選択する感じです。

５．視点～「伝える」と「伝わる」は違う
論文を書く場合、下にある表現方法に近いでしょうか。

６．仮説～本番の前にレポートを書いてしまう
自分も、結果の前にイントロやメソッドを書く場合が多いです。メソッドまで書いて解析していない原稿が幾つかあります。やらなければ。

７．表現～言葉を砕く、身近なもので比べる
数式やパラメーターではなく、生態学の言葉で記述する。分かりにくそうな表現にはFor example, ．．．"と追加説明をすることを心がけています。あと直訳英語は長くて、書き手は伝えたつもりでも、読み手にとって解読困難になるので、短い言葉で表現できないか常に考えています。

８．本の読み方～古典は背景や文脈も一緒に押さえる
あまり古典論文を引用しないのでよくわからないです。

９．アウトプット～1万時間＝クリティカルマスを超える
１万時間に達したかわかりませんが、確かにちょっと前に論文を書く感覚が変わったような気がします。書くことが苦痛でなくなりました（でもこれはちょっと違う域値に達したのかもしれません）。良い文章を書けていると言う自覚は、少しは持てるようになりましたが、まだまだ不十分という自覚もあります。良い文章か悪い文章か判断できるようになった程度のレベルなのかもしれません。少なくともあと数年で１万時間は越えるでしょうか。

10．熟成時間～3日寝かせ、いったん忘れて推敲する
寝かせないという人もいましたが、その人はとても良い文章を書きます。でも、自分の場合やっぱり寝かせます。それで、何も知らない他人になったつもりで読みます。寝かせないと、「何も知らない他人になったつもりで」というのが難しくて。結局、何度も熟成させてしまいます。

何かがおかしい

学食の弁当を買いに行ったら今日は閉店。じゃあ校外に食べに行こうとしたら、工事で道封鎖。ついでに郵便局に行こうとしたら、臨時停電で閉局。

本日はラボセミナー。それと、学生の原稿の手直しの続き。

そういえば、街中にポストってあまり見ないですね。